คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เมื่อแรกสถาปนามหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ในปี พ.ศ. 2548 นั้นเกิดขึ้นพร้อมๆกับการจัดตั้งมหาวิทยาลัย การเรียนการสอนในสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ได้รับการจัดตั้งเป็นคณะ ในสังกัดคณะคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ระยะแรกได้จัดการเรียนการสอนให้กับทุกคณะ ทำหน้าที่สอนวิชาเอก วิชาโท วิชาวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์พื้นฐาน ให้แก่นักศึกษาหลักสูตรการศึกษาบัณฑิตในคณะวิชาต่างๆ รวมถึงหลักสูตรต่างๆ ด้วยแนวคิดดังกล่าว มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ซึ่งจัดตั้งขึ้นโดยการหลอมรวมสถาบันการศึกษาที่มีอยู่แล้วในจังหวัดนราธิวาส และตามประกาศกิจจานุเบกษา เล่ม 123 ตอนที่ 118 ก หน้าที่ 6 วันที่ 27 พฤศจิกายน 2549 กำหนดให้จัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีขึ้น เป็นส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์[1] และนอกจากนี้แล้วยังเปิดโอกาสให้เยาวชนในท้องถิ่นเข้าศึกษาในระดับอุดมศึกษามากขึ้น เพื่อเสริมสร้างเอกภาพสันติสุขในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้และความมั่นคงของชาติ